Analysen

Analyseres ved

Klinisk patologi

Prøvebehandling

Prøvemateriale

Utføres på fiksert prøvemateriale som er innsendt for histopatologske undersøkelse (biopsier, resektat, eventuelt også cytologiske prøver). Preparat som ikke tilhører UNN kan innkalles fra aktuell patologiavdeling (blokk, snitt og kopi av remisse). 

Prøvemengde

Patolog/lab gjør vurdering om preparat er egnet for analyse. 

Rekvisisjon

Det må først avklares på telefon eller e-post at Klinisk patologi kan påta seg analyse. Når dette er avklart bestilles analyse ved å fylle ut eget rekvisisjonsskjema som sendes sammen med blokk/snitt. Klinisk betydning for påviste genetiske endringer avhenger i meget stor grad av tumortype og klinisk problemstilling. Det er derfor viktig å angi dette så klart som mulig i rekvisisjon slik at vi kan ta hensyn til dette når funn skal tolkes og rapporteres.

Transport

I tilfeller hvor snitt og blokker innkalles fra andre patologiavdelinger sendes disse med vanlig post.

Forventet svartid

Analysen settes opp ved behov, og minimum hver 14.dag.Svartid vil vanligvis være 10-20 virkedager.

Analysemetode

Vi benytter Illumina Childhood Cancer panel som omfatter 203 gener og påviser både mutasjoner (DNA) og genfusjoner (RNA). Vi har foreløpig ikke etablert data-analyse (pipeline) for påvisning av endringer i kopitall (CNV) eller ekspresjonsnivå.  
Analyse: Bibliotek for sekvensering lages ved hjelp av Illumina Childhood Cancer panel og sekvensering utføres på Illumina MiSeq instrument. Bioinformatorisk bearbeiding av sekvensresultater utføres i Illumina MiSeq Local Run Manager, mens varianter filtreres og annoteres i Illumina Variant Studio. Minimum krav til lesedybde (coverage) er 500x for alle genområder som rapporteres. Den analytiske sensitivitet for påvisning av mutasjon er 5%, dvs at det må være minimum 10% neoplastiske celler i materialet som skal undersøkes. Vi gjør oppmerksom på at ikke alle genområder angitt i tabell nødvendigvis har tilstrekkelig dekning (vårt krav er at >85% av genområder skal ha lesedybde >500). Dersom rekvirent ønsker oversikt over lesedybde for spesifikke gener/genområder bør dette opplyses spesielt om.

Klinisk

Tolkning

Klassifisering og rapportering av varianter: Vi rapporterer ikke varianter som er vanlige i befolkningen (polymorfier), og/eller varianter som predikeres å ikke ha effekt på proteinnivå, eller ikke oppfyller krav i kvalitetsfiltre i sekvensundersøkelsen. Påviste varianter klassifiseres med bakgrunn i tilgjengelig informasjon i databaser og publikasjoner. Følgende klasser er definert (basert på Li et al, (2017)):

Klasse I: Variant med høy klinisk signifikans
Klasse II: Variant med mulig klinisk signifikans
Klasse III: Variant med usikker klinisk signifikans
Klasse IV: Benign eller sannsynlig benign variant (rapporteres normalt ikke)

Klinisk betydning for påviste mutasjoner avhenger i meget stor grad av tumortype og klinisk problemstilling. Dette forutsetter tett dialog mellom vår avdeling (molekylærpatolog/patolog) og rekvirent ved tolkning og rapportering av funn. 
 

Referanser

Li MM, et al (2017). Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists. J Mol Diagn. 19(1):4-23.

Annet

Fagområde

Molekylærpatologisk lab