Analysen

Analyseres ved

Universitetssykehuset Nord-Norge HF
Diagnostisk klinikk/Klinisk patologi
Sykehusvegen 38
9038 Tromsø

Prøvebehandling

Prøvemateriale

Analysen utføres normalt på formalinfiksert parafininnstøpt (FFPE) preparat. Preparater som ikke tilhører UNN sendes sammen med aktuelle snitt og svarremisse til vår avdeling.

Prøvemengde

Patolog/lab gjør vurdering om preparat er egnet for analyse.

Rekvisisjon

Analysen utføres rutinemessig for alle ovarial-, tube og peritoneale carcinomer. Dersom analysen ønskes utenfor primær diagnosefastsetting av ovariecancer må det fylles ut rekvisisjon til molekylærpatologiske undersøkelse.

Transport

I tilfeller hvor snitt og blokker må innkalles fra andre patologiavdelinger sendes disse med vanlig post.

Forventet svartid

Analysen settes opp en gang per måned.

Analysemetode

Genpanel: Mutasjonsanalysen ved dypsekvensering omfatter alle eksoner for  BRCA1 og BRAC2 genene, med korresponderende ekson/intron-grenser (min 20 bp av intron). Metoden påviser normalt ikke større delesjoner eller insersjoner, for eksempel delesjon/insersjon av hele eksoner. Disse utgjør en relativ lav andel av patogene varianter av BRCA-genene (<5-10%).

Analyse: Det benyttes svulstvev som er formalinfiksert og parafininnstøpt (FFPE). Bibliotek for sekvensering lages ved hjelp av Illumina Ampliseq BRCA genpanel og sekvensering utføres på Illumina MiSeq instrument. Bioinformatorisk bearbeiding av sekvensresultater utføres i Illumina Local Run Manager, mens varianter filtreres og annoteres i Illumina Variant Studio. Minimum krav til lesedybde (coverage) er 500x for alle genområder som rapporteres. Den analytiske sensitivitet for påvisning av mutasjon er 10%, dvs at det må være minimum 20% neoplastiske celler i materialet som skal undersøkes.

Klinisk

Tolkning

BRCA-mutasjoner klassifiseres i henhold til ACMG/AMP guidelines (Richards et al 2015):  

Klasse 1: Benign

Klasse 2: Sannsynlig benign

Klasse 3: Usikker betydning

Klasse 4: Sannsynlig patogen

Klasse 5: Patogen

Påviste varianter klassifiseres med bakgrunn i tilgjengelig informasjon i databaser og publikasjoner. Vi rapporterer vanligvis ikke varianter som klassifiseres som benign eller sannsynlig benign (klasse 1 og 2).  Analyse utføres på tumorvev og vi gjør ikke vurderinger om det foreligger kimbanevarianter eller ikke. Pasienten må derfor følges opp i henhold til gjeldende retningslinjer for arvelig kreft.

Referanser

Richards, S., Aziz, N., Bale, S. et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med 17, 405–423 (2015). https://doi.org/10.1038/gim.2015.30

Felleskatalogen Lynparza: https://www.felleskatalogen.no/medisin/lynparza-astrazeneca-591930

Annet

Fagområde

Molekylærpatologisk lab