Analysen

Analyseres ved

Klinisk Patologi

Prøvebehandling

Prøvemateriale

Utføres på fiksert prøvemateriale som er innsendt for histopatologske undersøkelse (biopsier, resektat, eventuelt også cytologiske prøver). Preparat som ikke tilhører UNN kan innkalles fra aktuell patologiavdeling (blokk, snitt og kopi av remisse).

Prøvemengde

Patolog/lab gjør vurdering om preparat er egnet for analyse.

Rekvisisjon

Analyse bestilles ved å fylle ut eget rekvisisjonsskjema.  (Analysen settes opp rutinemessig på nydiagnostiserte GIST og på ikke-småcellet lungekreft, bortsett fra histologitype platepitelkarsinomer)

Transport

I tilfeller hvor snitt og blokker må innkalles fra andre patologiavdelinger sendes disse med vanlig post.

Analysemetode

Genpanel: Mutasjonsanalysen ved dypsekvensering omfatter genpanel med biomarkører som kan ha klinisk betydning for pasienter med solide tumorer.
 
Analyse: Bibliotek for sekvensering lages ved hjelp av Illumina Trusight Tumor 15 kit og sekvensering utføres på Illumina MiSeq instrument. Bioinformatorisk bearbeiding av sekvensresultater utføres i Illumina MiSeq reporter, mens varianter filtreres og annoteres i Illumina Variant Studio. Minimum krav til lesedybde (coverage) er 500x for alle genområder som rapporteres. Den analytiske sensitivitet for påvisning av mutasjon er 5%, dvs at det må være minimum 10% neoplastiske celler i materialet som skal undersøkes.
 
Tabell 1. Gener som omfattes av mutasjonsanalyse med Trusight Tumor 15 kit
Gen (Referanse-sekvens)Eksoner som undersøkesFunn rapporteres ved følgende tumortype
BRAF NM_004333.4Ekson 15 (kodon 582-607)Lungekreft, kreft tarm/endetarm og melanom
EGFR NM_005228.3Ekson 18; kodon 688-728 Ekson 19; kodon 729-761 Ekson 20; kodon 762-823 Ekson 21; kodon 848-875Lungekreft, kreft tarm/endetarm og melanom
KRAS NM_004985.4Ekson 2; kodons 1-19 Ekson 3; kodons 38-70 Ekson 4; kodons 98-150Lungekreft, kreft tarm/endetarm og melanom
NRAS NM_002524.4Ekson 2; kodon 1-21 Ekson 3; kodon 58-96 Ekson 4; kodon 97-150Lungekreft, kreft tarm/endetarm og melanom
KIT NM_000222.2Ekson 8, 9, 10, 11, 13, 14, 17, 18 (hele ekson)GIST og melanom
PDGFRA NM_006206.4Ekson 12, 14, 18 (hele ekson)GIST

I tillegg undersøkes hele eller deler av følgende gener: AKT1, ERBB2, FOXL2, GNA11, GNAQ, MET, PIK3CA, RET og TP53. Resultat fra disse undersøkelsene kan fås ved henvendelse til lab.

Klinisk

Tolkning

Analysen settes opp ukentlig med svar vanligvis innen 10 virkedager.
Klassifisering og rapportering av varianter: Vi rapporterer ikke varianter som er vanlige i befolkningen (polymorfier), og/eller varianter som predikeres å ikke ha effekt på proteinnivå, eller ikke oppfyller krav i kvalitetsfiltre i sekvensundersøkelsen. Påviste varianter klassifiseres med bakgrunn i tilgjengelig informasjon i databaser og publikasjoner. Følgende klasser er definert (basert på Li et al, (2017)):

Klasse I: Variant med høy klinisk signifikans
Klasse II: Variant med mulig klinisk signifikans
Klasse III: Variant med usikker klinisk signifikans
Klasse IV: Benign eller sannsynlig benign variant (rapporteres normalt ikke)

Klinisk betydning for påviste mutasjoner avhenger i meget stor grad av tumortype og klinisk problemstilling.

Referanser

Li MM, et al (2017). Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists. J Mol Diagn. 19(1):4-23.

Annet

Fagområdet

Molekylærpatologisk lab