Analysen

Analyseres ved

Klinisk Patologi
Molekylærpatologisk lab
Seksjon for Spesialanalyser

Prøvebehandling

Prøvemateriale

Utføres på fiksert prøvemateriale som er innsendt for histopatologsk undersøkelse. Preparat som ikke tilhører UNN kan innkalles fra aktuell patologiavdeling (blokk, snitt og kopi av remisse).

Prøvemengde

Patolog/lab gjør vurdering om preparat er egnet for analyse. 

Rekvisisjon

Analyser utføres vanligvis som del av den primære diagnostikken ved Klinisk patologi, eventuelt etter avtale med ansvarlig patolog. Ved behov for skriftlig rekvisisjon benyttes «Rekvisisjon til molekylærpatologisk undersøkelse», se Laboratoriehåndbok UNN.

Transport

I tilfeller hvor snitt og blokker må innkalles fra andre patologiavdelinger sendes disse med vanlig post.

Analysemetode

Undersøkelse av MGMT metylering ved pyrosekvensering

Det benyttes Qiagen Therascreen MGMT pyrokit. Det må være minimum 30-50% tumorceller i område som skal undersøkes.

Undersøkelse av kodelesjon 1p/19q og IDH mutasjonsstatus ved MLPA.

For MLPA benyttes probemiks SALSA P088 Oligodendroglioma 1p-19q. Analysen påviser 1p19q kodelesjon og mutasjonene p.(Arg132His) og p.(Arg132Cys) i IDH1, og p.(Arg172Lys) og p.(Arg172Met) i IDH2. For prøver hvor MLPA ikke påviser IDH-mutasjon kan det gjøres sekvensering med henblikk på mutasjonsstatus i henholdsvis IDH1 kodon 132 og IDH2 kodon 172. For MLPA må det være minimum 30-50% tumorceller i område som skal undersøkes.

Klinisk

Indikasjoner

CNS tumor. Analyser utføres vanligvis som del av den primære diagnostikken ved Klinisk patologi etter gitte kriterier.

Referanseområde

Bienkowski M et al. Clinical Neuropathology practice guide 5-2015: MGMT methylation pyrosequencing in glioblastoma: unresolved issues and open questions. Clin Neuropathol. 2015 Sep-Oct;34(5):250-7.

Louise et al. The 2016 World Health Organization Classification of Tumors of the Central Nervous System: a summary. Acta Neuropathol. 2016 Jun;131(6): 803-20.

Tolkning

MGMT metylering

Prøver rapporteres som metylerte dersom gjennomsnittlig metyleringsgrad beregnes til >10%. Prøver med metyleringsgrad £10% rapporteres som ikke metylerte. Denne grenseverdien er basert på gjennomgang av relevant litteratur, men vi gjør oppmerksom på at det ikke foreligger entydige anbefalinger i forhold til mest mulig klinisk relevant grenseverdi (Bienkowski M et al 2015). 

Kodelesjon 1p/19q og IDH1/IDH2 mutasjonsstatus

Rapporteres som påvist eller ikke påvist.