Klinisk patologi som oppgave å dekke all nødvendig generell og spesiell histologisk og cytologisk diagnostikk for sykehus og primærhelsetjenesten i Troms og Finnmark. Avdelingen utfører obduksjoner for universitetssykehuset og for eksterne rekvirenter og fungerer som rettsmedisinsk institusjon etter begjæring fra politiet eller domstolene. Avdelingen har et regionansvar og skal, dersom det er ressursmessige muligheter, bistå Patologisk enhet ved Nordlandssykehuset med å yte service for sykehusene og primærhelsetjenesten i Nordland fylke ved behov. Avdelingen skal i tillegg drive med forskning og undervisning.

Klinisk patologi ved UNN Tromsø er akkreditert etter NS-EN ISO 15189.
De analyser og metoder akkrediteringen gjelder for er oppgitt hos Norsk akkreditering.